乾隆皇帝的统治中，最令后人诟病的一点便是他对准噶尔人的残酷屠杀。当时，准噶尔人几乎全部被清军屠戮，幸存的少数人逃亡至哈萨克汗国和俄罗斯帝国。那么，乾隆为何对准噶尔人采取如此残忍的手段？为何他认为必须要彻底消灭准噶尔人呢？

1755年，清军分兵两路，讨伐准噶尔汗达瓦齐的叛乱。这是清朝与准噶尔的战争过程中，少数几次较为顺利的一次，仅用了四个月便镇压了叛乱。在这场战斗中，除阿玉锡率领骑兵冲阵打破敌军的防线外，还有在关键时刻投降的辉特部首领阿睦尔撒纳发挥了重要作用。

阿睦尔撒纳在关键时刻向清军提供了大量的准噶尔情报，确保了清军能够迅速取得胜利。由于立下赫赫战功，乾隆皇帝封他为王，并任命其为四部的大汗。然而，乾隆并未察觉阿睦尔撒纳野心勃勃，远远不满足于这些奖励。

阿睦尔撒纳曾是准噶尔大汗策妄阿卜拉坦的外孙，曾帮助达瓦齐夺取汗位，但他的目的是通过这一步壮大自己的力量，然后与达瓦齐争夺地位。后来，他引入清军，只是因为在内斗中败于达瓦齐。不久后，清军主力离开，阿睦尔撒纳迅速背叛清朝，进攻伊犁。然而，这一次的反抗并未如他所愿顺利展开，因为准噶尔的各部已被乾隆收买或分化，很多部族倒向了清军，反而成为了打击阿睦尔撒纳的力量。

无奈之下，阿睦尔撒纳只能逃往哈萨克汗国。此时，正是乾隆准备彻底平定准噶尔的关键时刻。阿睦尔撒纳开始与俄罗斯帝国联系，暗中寻求俄罗斯的支持，以便获得生路。为了摧毁这股叛乱力量，乾隆再次派遣了七千兵力支援兆惠，最终，阿睦尔撒纳在逃亡途中死于俄罗斯帝国，尸体被送回中国。

然而，尽管阿睦尔撒纳的死使得准噶尔汗国陷入混乱并最终解体，乾隆皇帝却依然决定继续清除准噶尔遗留的势力。对此，乾隆有两方面的考虑：一方面，他已经44岁，考虑到自身的年龄，他意识到清朝的统治岌岌可危，不能容忍任何威胁；另一方面，俄罗斯帝国日益强大，阿睦尔撒纳与俄罗斯的联系让乾隆深感不安，担心俄罗斯可能会吞并中亚，威胁清朝的西部边疆。为了确保清朝的稳固，乾隆决定加速解决准噶尔的残余势力。

然而，尽管乾隆皇帝对准噶尔人采取了严厉手段，实际上准噶尔汗国的灭亡并非仅由乾隆的屠杀所致。实际上，当时准噶尔汗国已处于崩溃边缘，连年战乱让这个游牧民族的生活陷入极度困境。大规模的战争导致粮食短缺，民众的生计难以保障，百姓手中的粮食被军队掠夺，成群的流民四处逃亡。更严重的是，准噶尔汗国爆发了大规模的天花疫情，几乎每年都有瘟疫肆虐。阿睦尔撒纳的连年战争，使得百姓难以维持生计，牲畜死亡，人民四处逃亡。

在这种情况下，大量流民开始离开伊犁，前往阿尔泰和巴里坤等地。然而，巴里坤正是清军的西路军营驻地，这里是押送战俘的必经之地，若流民带来瘟疫，清军的兵力可能因此被削弱。为了防止疫情蔓延，乾隆皇帝下令对厄鲁特各部进行严厉的屠杀。这一措施虽然残酷，但也可视为乾隆在不得已的情况下采取的“防疫”措施。毕竟，清朝的军队对于稳定西北边疆至关重要，若流民和部族势力不加以控制，后果不堪设想。

在古代，防疫手段相当有限，天花几乎无法治愈，唯一能做的就是将疫情区彻底隔离，或者直接消灭其中的人口。而准噶尔汗国地广人稀，封锁疫区几乎不可能，乾隆只能通过采取极端手段，控制局势。最终，准噶尔汗国的覆灭，除了内部战争和疾病的摧残外，也与清朝的军事镇压和对抗外部威胁的决策密切相关。