建筑学院建筑系、城市规划系、建筑技术学系。土木水利学院土木工程系、水利水电工程系、建设管理系。环境学院环境工程系、环境科学系、环境规划与管理系。清华大学机械工程学院机械工程系、精密仪器与机械学系、汽车工程系。航天航空学院工程力学系、航空宇航工程系。信息科学技术学院电气工程系、自动化系、计算机科学与技术系。理学院数学科学系、物理系、化学系。经济管理学院金融系、会计系经济系、人力资源与组织行为系、市场营销系。公共管理学院公共管理系。人文学院中国语言文学系、外国语言文学系、历史系、思想文化研究所、哲学系。医学院基础医学系、生物医学工程系、公共健康研究中心、药学系。美术学院艺术史论系、环境艺术设计系、信息艺术设计系、视觉传达设计系、染织服装艺术设计系。材料学院材料物理与化学系、材料加工工程系、无机非金属材料系、金属材料系、复合材料系。其他独立院系继续教育学院等。